Buku ini mendudukkan serangkaian peristiwa panjang PKI sejak 1926 ketika mulai memberontak dan kaitannya dengan pemberontakan PKI Madiun 1948 hingga pemberontakan PKI 1965.
"Benturan NU-PKI" memaparkan tragedi 1965 dari sudut pandang NU, menggali dan memaparkan apa yang dialami, dipikirkan, dirasakan, dan dilakukan para kiai, santri, dan pimpinan NU dalam menghadapi PKI sebagai kelompok "bughot" (subversif).
Buku ini adalah wujud keprihatinan NU karena adanya pihak-pihak yang memprovokasi dengan menyudutkan NU sebagai pelaku pelanggar berat dalam peristiwa 1965 atau G 30 S/PKI. Ada upaya yang mengaku tidak berdosa, mengecilkan dosa dan menuduh orang lain berdosa.
Secara periodik banyak kelompok yang melakukan pembelaan terhadap PKI dan sebaliknya menyalahkan NU, terutama Barisan Ansor Serbaguna (Banser). Mereka di antaranya laporan Barat pada umumnya, baik Amnesty Internasional maupun Mahkamah Internasional.
Karena provokasi tersebut, Rais Aam PBNU KH Sahal Mahfud menegaskan tiga hal, yaitu selidiki siapa yang melakukan itu dan apa motifnya, berkoordinasi dengan teman-teman di TNI dan melakukan sesuatu.Melakukan sesuatu itu adalah menulis buku untuk menanggapi penyudutan itu.